1996 жылы сәуірде су жаңа Škoda Octavia моделі көпшілікке ұсынылды. Үш жылдан кейін Škoda Fabia келеді, ал 2001 жылы орта кластағы жаңа сәнді автокөлік – Škoda Superb жарық көреді. Өндірістік цехтар Ресейде, Қытайда және Үндістанда құрылады.
Млада-Болеславта Volkswagen-мен бірлескен кәсіпорын құрылғаннан бергі миллионыншы Škoda автокөлігі жасап шығарылды. Көпшілік назарына Škoda Octavia ұсынылды. Бұл бренд модельдерінің екінші буыны және кейінгі жылдары кәсіпорынның жетістігіне жол ашады.
Алғаш рет Škoda жылына 400 000-нан астам көлік құралын шығарып, олар әлемнің 70 еліне экспортталады.
WRC автокөлігімен Škoda авторалли бойынша әлем чемпионатына қатысады. Франкфурттегі автокөрмеде су жаңа Škoda Fabia ұсынылды, ал бір жылдан кейін кәсіпорынның ассортименті Fabia Combi автокөлігімен толықтырылады.
Млада-Болеславта Škoda Чех Республикасындағы кәсіпорынға тиесілі алғашқы университет – Škoda Auto University университетін құрады.
Škoda Octavia RS әлі күнге дейін брендтің ең жылдам сериялық автокөлігі болып табылады. Superb Škoda дәстүрлі атауымен жаңа сәнді модель ұсынылады, осылайша 1934 жылдан 1949 жылға дейін жүзеге асырылған жоғары класс автокөліктерінің өндірісі қайта басталады. Үнді Аурангабадында Škoda Еуропадан тыс жердегі өзінің алғашқы зауытын ашады.
Женевадағы автокөрмеде Fabia WRC моделі ұсынылды.