В 1987 году в производство поступает долгожданная совершенно новая модель Škoda Favorit. В марте 1991 года налаживается сотрудничество предприятия с компанией Volkswagen. Обновляется даже название фирмы: автозавод Škoda, совместное предприятие.
Начинается серийное производство модели Favorit. Переход на современную концепцию с расположением двигателя спереди, передним приводом и компактным пятидверным кузовом осуществляется в рекордно короткие сроки. Автором элегантного дизайна кузова является итальянский дизайнер Нуччо Бертоне.
На рынок поступает Škoda Favorit, которая успешно продается как в Чехословакии, так и за рубежом.
После смены политического режима, произошедшей в 1989 году, предприятие начало поиски сильного зарубежного партнера, который помог бы сделать продукцию Škoda конкурентоспособной на международном уровне в условиях рыночной экономики. В декабре 1990 года правительство Чехословакии выбирает в качестве партнера Volkswagen.
Начинает свою деятельность Škoda, automobilová a. s., становясь четвертым брендом концерна Volkswagen наряду с Volkswagen, Audi и Seat
Продолжается процесс повышения качества продукции, и на всех автомобилях Škoda устанавливается одноточечный впрыск топлива и управляемый каталитический нейтрализатор.
После выпуска более чем одного миллиона автомобилей Škoda Favorit эту модель заменяет Felicia – первый совместно сконструированный автомобиль после слияния с Volkswagen. К 2001 году предприятие производит более 1,4 миллиона автомобилей Felicia.
В Млада-Болеславе закладывается краеугольный камень нового цеха для производства будущего автомобиля среднего класса Octavia.