1987 жылы көптен күткен су жаңа Škoda Favorit моделі өндіріске енеді. 1991 жылы наурызда кәсіпорынның Volkswagen компаниясымен ынтымақтастығы реттеледі. Тіпті фирманың атауы да жаңартылады: Škoda автозауыты, бірлескен кәсіпорын.
Favorit моделінің сериялық өндірісі басталады. Қозғалтқышы алдында орналасқан, алдыңғы жетегі және бес есікті шағын шанағы бар заманауи тұжырымдамаға көшу рекордтық қысқа уақытта жүзеге асырылады. Талғампаз шанақ дизайнының авторы – италиялық дизайнер Нуччо Бертоне.
Нарыққа Чехословакияда да, шетелде де сәтті сатылатын Škoda Favorit келеді.
1989 жылы орын алған саяси режимнің өзгеруінен кейін, кәсіпорын Škoda өнімдерін нарықтық экономика жағдайында халықаралық деңгейде бәсекеге қабілетті етуге көмектесетін мықты шетелдік серіктес іздей бастады. 1990 жылдың желтоқсанында Чехословакия үкіметі серіктес ретінде Volkswagen-ді таңдайды.
Volkswagen, Audi және Seat компанияларымен қатар Volkswagen концернінің төртінші бренді ретінде Škoda, automobilová a. s. өз қызметін бастайды.
Өнім сапасын жоғарылату процесі жалғасады және барлық Škoda автокөліктеріне бір нүктелі отын бүрку және басқарылатын каталиттік бейтараптандырғыш орнатылады.
Бір миллионнан астам Škoda Favorit автокөлігі жасап шығарылғаннан кейін, бұл модельді Volkswagen-мен біріктірілгеннен кейін алғаш құрастырылған автокөлік – Felicia алмастырады. 2001 жылға қарай кәсіпорын 1,4 миллионнан астам Felicia автокөлігін шығарады.
Млада-Болеславта болашақ орта кластағы Octavia автокөлігін шығаратын жаңа цехтың іргетасы қаланады.