В 1936 году Škoda находится на первом месте среди производителей автомобилей в своей стране, положительные отзывы поступают и из других стран. С началом Второй мировой войны и оккупации производство было ориентировано на нужды Германии. В конце войны завод подвергся бомбардировке.
Škoda занимает второе место в ралли Монте-Карло с автомобилем Popular Sport, который позже был переименован в Monte Carlo. Popular также выигрывает гонки в Африке, на Балканах и в Уругвае. Ассортимент автомобилей пополняется моделью среднего класса Škoda Favorit.
На рынке появляется Škoda Popular 995. Эта «народная Škoda» («Škoda pro lid» на чешском языке) получила прозвище Liduška, женское имя, происходящее от слова lidový (народ). Гражданское производство прекращается с началом Второй мировой войны. Все предприятие теперь переходит под управление Reichswerke Hermann Göring AG.
Автомобильная промышленность переводится на военные рельсы. Помимо компонентов вооружения выпускаются в основном различные грузовики, полноприводные автомобили и большегрузы RSO.
Сильно поврежденный завод в Млада-Болеславе начинает выпускать первые обновленные Škoda Popular. Экономика страны переходит под контроль социалистического режима. Весной 1945 года были национализированы крупные предприятия, в том числе заводы Škoda в Пльзене и ASAP в Млада-Болеславе.